Институт водных проблем, гидроэнергетики и экологии АН Республики Таджикистан организован в  2002 г. на базе Отдела водных проблем и экологии Академии наук Республики Таджикистан, который в  2000-2002  гг. возглавлял чл.-корр. Х.С.Сафиев. Первым директором-организатором института был академик У.М.Мирсаидов (2002 г.). В период с ноября 2002 г. по июнь 2009 г. институт возглавлял чл.-корр. И.Ш.Норматов, с 2009 г. по настоящее время институтом руководит д.т.н., чл.-корр. АН Республики Таджикистан, профессор З.В.Кобулиев.

Основные направления научных исследований связанный с анализом состояния и перспектив развития общей энергетики и гидроэнергетики Таджикистана:

• изучение возобновляемых ресурсов энергетики Таджикистана;

• инвентаризация ресурсов и оценка возможностей использования их по категориям;

• исследование малой гидроэнергетики Таджикистана;

•  анализ водно-энергетических ресурсов и их изменчивости.

К наиболее важным исследованиям института можно отнести:

• анализ сравнительной энергоэфективности крупных  рек  Таджикистана;

• изучение влияние климата на водно-энергетические  ресурсы;

•  разработка методов адаптации гидроэнергетики к глобальным изменениям климата;

• разработка моделей и методов прогноза водного стока для гидроэнергетики;

• разработка методов оптимизации работы ГЭС с водохранилищами;

• разработка методов регулирования водного стока в интересах гидроэнергетики и ирригации;

• анализ международного и национального законодательств в области совместного использования водно-энергетических ресурсов трансграничных рек;

• разработка методов оценки экономической стоимости воды при её совместном использовании в целях гидроэнергетики и ирригации.

Среди научных достижений института можно отметить следующие:

• разработка методов оперативного и долгосрочного прогнозов водного стока для гидроэнергетики;

• разработка методов и математических моделей оптимизации работы крупных ГЭС с водохранилищами;

• разработка экономической модели развития гидроэнергетики и ирригации при совместном использовании водноэнергетических ресурсов трансграничных рек бассейна Аральского моря;

• оценка возобновляемых  энергоресурсов Таджикистана и возможностей их использования.