Созданию Института водных проблем, гидроэнергетики и экологии Национальной Академии Наук Таджикистана предшествовало выступление Основоположник мира и национального единства – Лидера нации, Президента Республики Таджикистан Эмомали Рахмона 1 октября 1999 года на 54-ой сессии Генеральной Ассамблеи ООН, предложившего провозгласить 2003 год Международным годом пресной воды. Резолюцией Генеральной Ассамблеи ООН № 55/196 2003 год объявлен Международным Годом Пресной Воды.
Учитывая, что Таджикистан обладает огромными запасами водных ресурсов, а также необходимость их рационального использования и всесторонне поддерживая предложения Президента страны Эмомали Рахмона Постановлением Президиума Академии наук Республики Таджикистан №59 от 25 декабря 2000 г. в Академии наук был создан Отдел водных проблем и экологии. Первым заведующим Отделом был доктор химических наук, член-корреспондент АН Республики Таджикистан Сафиев Хайдар.
Президент Республики Таджикистан Эмомали Рахмон в своем выступлении в Академии наук на встрече с интеллигенцией страны 20 марта 2001 года особо подчеркнул о созревшей необходимости укрепления научного потенциала Таджикистана и создания Института водных проблем, гидроэнергетики и экологии при Академии наук, в связи с чем, 3 июля 2002 года Правительством Республики Таджикистан было принято Постановление №279 о создании Института водных проблем, гидроэнергетики и экологии Академии наук Республики Таджикистан. Во исполнение этого Постановления Правительства Президиум Академии наук Республики Таджикистан издал Постановление №72 от 22 июля 2002 года о создании на базе Отдела водных проблем и экологии Института водных проблем, гидроэнергетики и экологии АН Республики Таджикистан.